器官移植是醫(yī)院的主要特色，已先后開展腎臟、肝臟、肝-胰-腎、肝-腎、胰-腎、心臟、心肺、肺臟、角膜、骨髓、胰島細胞、干細胞等移植，手術的種類、數量和質量居國內領先水平，成為國內重要的大型器官移植中心之一。同時，醫(yī)院在腎臟病、肝膽疾病、女性尿失禁、脊柱疾病、顱腦疾病、老年病、心腦血管病、消化病、腫瘤等疾病診治方面處于國內先進水平。醫(yī)院開展的臨床檢驗技術、血液凈化技術、放射介入技術、病理診斷技術、微創(chuàng)技術、超聲診治技術等處于軍內外、省內外先進水平。

醫(yī)院設有國家人事部博士后科研工作站，擁有7個博士后帶教學科。醫(yī)院是廈門大學附屬東方醫(yī)院，第二軍醫(yī)大學、南方醫(yī)科大學、福建醫(yī)科大學臨床醫(yī)學院，第四軍醫(yī)大學、安徽醫(yī)科大學、南昌大學醫(yī)學院教學醫(yī)院。有40個學科（專業(yè)）點與上述高校及福建中醫(yī)學院等聯(lián)合培養(yǎng)博士、碩士研究生，擁有博士、碩士研究生導師124名。此外，醫(yī)院每年還承擔上述高校及其它高校近600名本科生臨床大課、臨床見習、臨床實習教學任務，每年接收軍內外進修生200余人次。