醫(yī)院擁有國內領先的醫(yī)療、教學、科研設備，設備總值近7億元，主要有檢驗自動化流水線系統(tǒng)、PET-CT、磁共振儀4臺、高速CT2臺、全身γ-刀、ECT、DSA、數(shù)字胃腸機（DR）、數(shù)字拍片機（CR）、頭顱X-刀、直線加速器、流式細胞儀、電子顯微鏡、大型彩色多普勒儀、電子胃腸鏡、自動麻醉機、體外震波碎石機、高壓氧艙群、全層流凈化手術室等。

醫(yī)院本部設有53個專業(yè)學科，醫(yī)院擁有1個國家級重點學科，1個國家重點?？圃诮椖?，1個國家科技部示范型國際科技合作基地，是國家藥物臨床試驗機構，下設16個專業(yè) 。全軍重點學科、基地10個：全軍臨床檢驗醫(yī)學研究所、全軍器官移植研究所、全軍兒科疾病診治中心、全軍婦產(chǎn)科中心、全軍微創(chuàng)神經(jīng)外科中心、全軍計劃生育優(yōu)生優(yōu)育研究所、全軍臨床藥理基地、全軍醫(yī)院信息化研究與技術支持基地、全軍衛(wèi)生音像制作基地、全軍器官移植臨床護理示范基地。南京軍區(qū)重點學科13個：南京軍區(qū)肝膽外科研究所、南京軍區(qū)普通外科研究所、南京軍區(qū)骨科研究所、南京軍區(qū)腫瘤中心、南京軍區(qū)藥學中心、南京軍區(qū)腎臟病中心、南京軍區(qū)病理中心、南京軍區(qū)呼吸病中心、南京軍區(qū)中醫(yī)中心、南京軍區(qū)消化內科中心、南京軍區(qū)醫(yī)學影像中心、南京軍區(qū)糖尿病診療中心，95臨床部南京軍區(qū)燒傷醫(yī)學中心。福建省創(chuàng)新平臺2個：福建省干細胞應用工程技術研究中心、福建省盆底醫(yī)學工程技術研究中心，擁有福建省移植生物學重點實驗室、中國人民解放軍組織修復與器官重建重點實驗室，是國家教育部本科教學工程校外實習基地、福建省住院醫(yī)師規(guī)范化培訓基地、福建省外科學研究生教育創(chuàng)新基地。醫(yī)院綜合實力在華東地區(qū)處在第一方陣，在福建省和南京軍區(qū)處于領先地位。