在電子和光電對抗方面，E/F型采用綜合防御電子對抗系統(tǒng)（IDECM），其核心部件是AN/ALQ-214射頻干擾器，同時(shí)還可以集成ALR67(V)3雷達(dá)告警器，AAR-57通用導(dǎo)彈告警器、AN/ALE-47箔條和紅外干擾彈分撒器、ALE－50（ALE-55）光纖拖曳誘餌（可以發(fā)射電磁波，吸引雷達(dá)制導(dǎo)的導(dǎo)彈）等對抗設(shè)備，形成一個(gè)總體的光電和電子對抗系統(tǒng)。在F/A-18E/F上還可能采用激光紅外對抗系統(tǒng)，用激光器發(fā)射特定波長的激光對紅外導(dǎo)引頭進(jìn)行主動(dòng)干擾。
